奈葉（田村由香里 配音）本是一位平凡的小學三年級女生，卻因為意外遇見了來自異世界的尤諾而成為了魔法少女，投入到了爭奪遺產的戰斗之中。在上一次事件結束之后，奈葉告別了與之結下深厚友誼的菲特（水樹奈奈 配音），重新回歸了平靜的日常生活，接受著魔力訓練，以防備敵人的下一輪猛烈襲擊。 某日，一個神秘的魔法結界出現在了海鳴市的上空，這不尋常的現象吸引了奈葉的注意。果不其然，奈葉遭到了紅發魔法少女維塔（真田麻美 配音）的攻擊，讓奈葉沒有想到的是，維塔竟然一下子就破壞了奈葉堅固的防御。所幸菲特及時出現，奈葉才幸免于難，而維塔的出現意味著，有一場陰謀正在秘密展開。
